常見的水果、菇類、蔬菜、藥類等等都可以作為酵素發酵的原料。

果蔬酵素生產線流程： 選材-清洗-干燥-裁切-發酵-調配-控制-貼標-填充包裝-成品 主要設備：清洗機、破碎打漿系統、發酵系統（恒溫發酵、常溫發酵）、熱水系統、過濾系統、調配系統、灌裝系統、包裝系 統、輸送線、挑選設備、電氣控制系統；

發酵工藝：果蔬酵素采用傳統工藝發酵，發酵過程基本分三個階段: 酵母菌發酵、醋酸菌發酵和乳酸菌發酵。

階段一：酵母菌發酵：酵母菌發酵階段將大分子分解成小分子，把淀粉分解成二氧化碳和酒精，也叫糖化作用。

階段二：醋酸菌發酵：醋酸菌發酵階段將酒精分解掉，這個階段也叫醋化作用。

階段三：乳酸菌發酵：乳酸菌發酵階段乳酸在反応作用下產生益生菌，這個階段也叫熟成作用。